四川魔德科技有限公司
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四川魔德科技正式开展生物分子检测服务

公司新闻

好消息来啦,为提高科研项目的效率,为更好的服务您,四川魔德科技有限公司特推出专业型托管式实验代测服务。

实验内容包括基因测序、圆二色谱、化学合成过程中杂质研究、生物大分子质谱检测、中药材检测、生物降解专业检测等。

  1. 基因测序
    1. 测定生物大分子的核苷酸序列:结合分子模拟可以确定蛋白质的三维结构
    2. 检测蛋白可能的突变位点等
  2. 圆二色谱
    1. 有机化合物的圆二色谱:主要结合ECD计算,研究化合物的绝对构型
    2. 蛋白质的圆二色谱:主要分析蛋白质的二级结构信息
    3. 仪器和方法:圆二色谱仪
  3. 化学合成过程中杂质研究
    1. 研发、制剂过程中存在的杂质结构研究
    2. 仪器和方法:质谱,高效液相色谱,MS-MS,LCMSMS,核磁共振,GC-MS等
  4. 生物大分子质谱检测
    1. 蛋白的氨基酸突变位点分析
    2. 蛋白的糖基化及其他修饰位点分析
    3. 仪器和方法:高分辨质谱仪
  5. 中药材检测
    1. 农药残留,真菌毒素
  6. 生物降解专业检测
    1. 检测生物降解产物
    2. 检测金属,有机溶剂残留

欢迎来电或者扫码咨询哦。您只需将您的样本邮寄给我们,告诉我们您的要求,届时我们将会提供给您一篇完整的报告。

微信联系方式: QQ联系方式:1524845922    联系电话:028-87579279

流程图

 

2022年5月5日/通过: wyd
https://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/04/Quantum_Story.png 480 480 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2022-05-05 10:24:102022-05-07 17:00:13四川魔德科技正式开展生物分子检测服务

四川魔德科技微信公众号有奖征文,最高可得400元

公司新闻

活动目的:
鼓励各行业科研人员分享分子模拟技术在各个领域的成功应用的案例,建立分子模拟技术分享平台,旨在提高分子模拟技术在科学研究中的应用,为药物设计和研发提供新思路。
活动对象
分子模拟与药物设计爱好者

有奖征文活动
2021年12月16日/通过: wyd
https://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2021/12/征文2.png 3366 2480 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2021-12-16 11:03:262021-12-16 11:03:27四川魔德科技微信公众号有奖征文,最高可得400元

蛋白质结构建模比赛

公司新闻

四川魔德科技(www.modekeji.cn)为提升分子模拟在科研工作者中的普及程度,特举办蛋白质结构建模比赛,欢迎大家参与。

蛋白质建模是分子模拟中最基础的方法,也是最重要的研究方法。建模的方法多种多样,常用的有Modeller、Swiss-model、Rosetta等,原理相对简单,操作方便,基本上人人可以学会。

比赛奖品


一等奖1名,奖品:小米空气净化器,价值1000+
二等奖2名,奖品:希捷移动硬盘2T,价值500+
三等奖3名,奖品:128G优盘,价值100+
参与奖不限,奖品:精美鼠标垫

活动背景

计算机辅助药物设计(CADD)方法发展至今已经超过40年,形成了以同源建模,分子对接,虚拟筛选、MD模拟等技术手段为一体的完整体系。后来,随着人类基因组计划的完成,发现了大量与人类疾病相关的基因,药物作用的靶标分子数量也迅速增加。但受到目前实验方法和条件的限制,仍然有大量的蛋白质靶点无法获得准确的晶体结构。
近年来,随着人工智能研究的不断深入,CADD方法逐渐向人工智能辅助药物设计(AIDD)转变,尤其是AlphaFold的兴起,让大量研究蛋白质的科研人员看到了一丝曙光。
因此,为了让更多的科研工作者了解分子模拟、CADD和AIDD,四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)特发起一项“蛋白质结构建模”比赛,期望在科研人员之间广泛传播分子模拟技术。

四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)致力于为广大科研工作者提供分子模拟技术服务,与国内外约600个单位和院校有合作关系,完成超过200个不同方向的研究课题。技术团队具有丰富的分子模拟研究经验,欢迎您来电咨询。

活动时间

2021年9月1日——2121年9月15日

活动主题

让更多的科研工作者了解生物分子模拟

参与方式

1:转发此篇文章至微信朋友圈,超过58人点赞并截图,即可获得参赛资格;
2:联系魔德科技工作人员加入比赛专用群;
3:获得指定蛋白质的氨基酸序列;
4:蛋白质建模方法和软件不限,结构优化手段不限;
5:提交蛋白质建模最终结果(以pdb文件为准),发送至邮箱:modekeji@modekeji.cn

 结构评价与排名规则

最终比赛名次按照提交的pdb结构与魔德科技的晶体结构进行比对,按照RMS值从小到大进行排序,RMS值越小,排名越高,RMS值相同,则按照提交时间先后排序

主办单位

本活动由四川魔德科技有限公司主办,最终解释权归四川魔德科技有限公司所有。

蛋白质建模比赛海报



2021年9月1日/通过: wyd
https://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2021/09/图片.png 1322 529 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2021-09-01 15:29:282021-09-01 16:01:29蛋白质结构建模比赛

YASARA软件完整功能介绍

公司新闻, 博客文章

功能介绍——YASARA View

YASARA View模块可以免费获取,包含交互式观察大分子结构所需的所有功能

  1. 具有高达4K分辨率的全场景抗锯齿的分子图形显示,比基于OpenGL的其他解决方案快10倍;
  2. 支持70多种分子文件格式
  3. 8种不同显示模式随意切换
  4. 光线追踪(Ray-tracing)算法以任意分辨率获得高质量的结构图片(SCI文章级别)
  5. 可同时打开100+个分子结构文件,基于结构或序列对不同蛋白进行叠合,计算RMSD值
  6. 一键测量任意原子之间的距离、角度、二面角
  7. 构建原子、氨基酸、多肽链以及一键突变氨基酸
  8. 自动分配键级,并添加丢失的氢原子
  9. 使用Python脚本语言扩展YASARA的功能,在Python脚本中简单输入“import yasara”即可调用

功能介绍——YASARA Model

在View的基础上增加了结构分析的功能

  1. 具有高达8K分辨率的全场景抗锯齿的分子图形显示,以及高质量的GPU加速
  2. 用MPEG格式编码动画,可粘贴到PPT中
  3. 可同时操作上千个蛋白结构,并独立移动
  4. 分析分子间的接触、氢键、疏水/π-π/Cation-π相互作用
  5. 交互式改变原子间的距离、角度和二面角
  6. 自定义pH值(0-14),并给出分子合理结构
  7. 实时计算并显示van der Waals,分子以及溶剂可及表面的快速算法

功能介绍——YASARA Dynamics

在Model的基础上增加了分子动力学模块

  1. 基于CPU+GPU计算的快速分子动力学模拟算法,以及周期性或非周期性的模拟盒子
  2. 支持Amber力场以及最新开发的NOVA和YAMBER力场
  3. 采用PME方法精确处理长程静电作用
  4. 采用LINCS和SETTLE算法处理键长和水分子
  5. 采用泊松-玻尔兹曼或PME方法计算能量、结合能
  6. 交互式的动力学模拟,可以固定或释放原子,增加约束,切换力场
  7. 即使在配体存在的情况下,也可以一键运行分子动力学模拟(基于GAFF力场)
  8. 一键运行膜蛋白的分子动力学模拟
  9. 采用MOPAC进行半经验MNDO/AM1/PM3量子化学计算
  10. 交互式构建多糖结构,每一步进行能量最小化

功能介绍——YASARA Structure

在Dynamics的基础上增加了分子对接和同源建模

  1. 一键进行分子对接,支持改进版的Autodock和Vina,可以多核运行Autodock
  2. 一键同源建模,选择蛋白序列,即可构建得到蛋白模型,并在显式溶剂中进行优化结构
  3. 基于pH值计算分子的氢键网络,并自动考虑配体
  4. 加入新的力场YASARA和YASARA2,力场中添加了很多基于经验的部分,适于对蛋白结构更加精细的修饰和预测
  5. 可移植FoldX插件,计算点突变,丙氨酸扫描,结合能等
2019年10月29日/通过: wyd
http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png 0 0 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2019-10-29 15:37:412019-10-29 15:37:42YASARA软件完整功能介绍

四川魔德科技有限公司成功取得YASARA中国代理权

公司新闻

四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)取得分子模拟综合软件YASARA(Yet Another Scientific Artificial Reality Application)在中国的代理权,奥地利YASARA生物科技股份有限公司授权四川魔德科技在中国销售YASARA软件,以及为YASARA中国用户提供软件技术支持。

YASARA软件简介

YASARA来自于“Yet Another Scientific Artificial Reality Application”的缩写,中文意思大致为:又一次科学与艺术的现实应用。科学和艺术,完美体现了YASARA软件的特点。

科学:

YASARA始于1993年,是集图形显示,分子建模,分子对接和分子动力学模拟于一体的综合性分子模拟软件,在与Windows和Linux操作系统完美兼容的同时,还支持MacOS以及手机Android平台。

艺术:

YASARA拥有直观的用户界面,其图形显示比目前的所有其他分子模拟软件更加优秀,同时还支持VR设备和自动立体显示输入,最新可触摸的YSARA软件可以在多种移动设备上使用,包括VR眼镜、Windows和Android平板以及安卓智能手机。

另外,YASARA其内核为PVL框架,因此比传统软件具有更高的性能,可以对最大的蛋白质结构进行交互式的分子模拟操作。

YASARA与主流分子模拟软件界面对比

2019年10月25日/通过: wyd
http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png 0 0 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2019-10-25 17:21:402019-11-07 14:22:59四川魔德科技有限公司成功取得YASARA中国代理权

靶标预测工具

公司新闻

随着药物发现与中药现代化进程的加快,越来越多的活性天然产物和先导化合物的作用机制亟待阐明,而他们潜在靶标的识别与确证成为药物研发的主要瓶颈。潜在靶标的识别对于作用机制的阐明、早期药物研发、安全性评价和药物重新定位等领域都有非常重要的意义。作为一种快速而低成本的手段,计算机辅助的反向找靶技术受到越来越多的重视。目前,通过计算机辅助进行反向找靶主要有三种方法:反向分子对接(Target Fishing)、药效团模型搜索(Compound Profiling)及基于配体分子相似性分析(Ligand Similarity Search)。

 

本公司基于公共数据资源和Python,开发了基于药效团模型和分子相似度的靶标预测工具,提供您的活性分子(ChemDraw保存的文件),将在24小时内反馈您靶标预测结果。欢迎使用!

 

电话:028-87579279

QQ:3319356589

modekeji@modekeji.cn

靶标预测结果展示

 

2018年8月27日/通过: wyd
http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png 0 0 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2018-08-27 09:05:172019-04-22 22:53:15靶标预测工具

四川魔德科技有限公司成立

公司新闻

四川魔德科技有限公司(简称“魔德科技”)于2018年3月19号正式成立,公司是由长期从事分子模拟应用、分子合成和计算机技术的专业人员组成的企业,我们以专业的态度做最适用的解决方案,致力于成为分子模拟技术行业一流的服务商。魔德科技拥有一套完整的从分子模拟研究到化学合成和活性测试的先导化合物分子实验室,具有将虚拟分子转化为先导化合物的能力,可以大大提升分子设计和开发的效率。公司目前主要提供从生物分子模拟、化学反应机理到物理材料性能模拟的全程专业技术服务,让您的研究内容更加完善,研究结果更富有影响力。公司的定制化工作站能满足分子模拟、虚拟筛选、材料研究、化合物研发等方面的需求。魔德科技自成立以来,服务于多所国内高校与研究所,并与国内外厂商建立了良好的合作关系。我们始终坚持“服务至上、科技为本、创新驱动”的理念,将计算模拟与实验和化合物研发有机地结合起来,为客户提供精致的全方位服务。

魔德科技的技术团队来自国内外各大高校、研究所和制药公司,具有深厚的生物信息学、计算生物学、计算化学、化学信息学和计算材料学专业知识,且长期从事分子对接、同源模建、分子动力学、分子设计、蛋白设计、化合物库设计、化合物合成和活性测试等工作,具有非常丰富的实践经验。公司为客户提供专业的分子设计和分子模拟技术服务,同时为客户提供专业的计算硬件和技术支持。

2018年3月19日/通过: admin
http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png 0 0 admin http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png admin2018-03-19 11:14:362022-11-11 09:49:20四川魔德科技有限公司成立

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ECD计算 MD模拟 YASARA 一键分子动力学模拟 主客体相互作用 催化机制 催化活性 分子动力学 分子对接 分子对接和MD模拟的区别 分子对接软件 分子模拟 分子模拟综合软件 分子模拟软件 分子识别 可视化分子模拟 同源建模 天然产物 对接软件 简单分子对接 结合自由能 绝对构型 荧光淬灭 药物设计 虚拟筛选 虚拟筛选流程 蛋白突变 蛋白质建模 蛋白质测序 金属蛋白处理

四川魔德科技有限公司

魔德科技以专业的态度做适用的解决方案,致力于成为分子模拟技术行业优秀的服务商。 我们拥有一套完整的从分子模拟研究到化学合成、活性测试的先导分子实验室,具有将虚拟分子转化为先导分子的能力,可以大大提升分子设计和开发效率。

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    028-87579279

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