经常有初学者问，分子对接之后为什么还要跑MD模拟呢？
其实在了解分子对接和MD模拟的基本原理之后，这个问题就自然迎刃而解了。
下面简单解释一下分子对接和MD模拟：
1、分子对接
顾名思义，就是将两个分子采用一定的对接方法结合在一起，是药物设计和分子模拟中非常重要的方法。得到的结果就是两个分子之间可能的结合模式，比如氨基酸之间的相互作用等。但分子对接的局限性在于，只能获得两个分子瞬时的结合模式，分子在环境中是不断运动的，显然分子对接与实际情况有一定的差别。
2、MD模拟
MD模拟，即分子动力学模拟，就是将分子置于特定的环境中，让其自由的运动，进行充分的采样，可以获得分子中所有原子的运动轨迹。所以MD模拟就是尽可能的模拟分子的实际运动情况，进而采用统计学的方法分析分子的结构变化，相互作用的变化等等。
总的来讲，如果把分子对接得到的结果比作“照片”，那么MD模拟得到的结果就是一部“电影”。
