分子对接之后为什么要跑MD模拟?

经常有初学者问,分子对接之后为什么还要跑MD模拟呢?

其实在了解分子对接和MD模拟的基本原理之后,这个问题就自然迎刃而解了。

下面简单解释一下分子对接和MD模拟:

1、分子对接

顾名思义,就是将两个分子采用一定的对接方法结合在一起,是药物设计和分子模拟中非常重要的方法。得到的结果就是两个分子之间可能的结合模式,比如氨基酸之间的相互作用等。但分子对接的局限性在于,只能获得两个分子瞬时的结合模式,分子在环境中是不断运动的,显然分子对接与实际情况有一定的差别。

2、MD模拟

MD模拟,即分子动力学模拟,就是将分子置于特定的环境中,让其自由的运动,进行充分的采样,可以获得分子中所有原子的运动轨迹。所以MD模拟就是尽可能的模拟分子的实际运动情况,进而采用统计学的方法分析分子的结构变化,相互作用的变化等等。

总的来讲,如果把分子对接得到的结果比作“照片”,那么MD模拟得到的结果就是一部“电影”。