本文讲解在AutoDock 4如何使用python脚本“prepare_dpf4.py”创建对接参数文件。对接参数文件详细规定了配体文件在对接过程中如何移动，该用哪些网格文件进行能量评估，使用哪些搜索方法和相应的传入参数，还有执行多少个独立的对接任务和使用多少个能量评估标准。需要安装MGLTools才能使用python脚本。
概要
AutoDock对接试验涉及，配体——受体复合物最低能量状态的搜索。AutoDock实现了4个不同的算法，模拟退火算法SA。遗传算法GA，局部搜索LS和混合全局局部Lamarkian遗传算法。传入参数详细指明了该使用哪个算法，以及计算的范围。对接参数文件可以通过使用AutoDockTools准备，也可以通过使用python脚本“prepare_dpf4.py”得到。此脚本位于AutoDockTools/Utilities24目录下。在命令提示符界面中，导航到该目录，并输入此脚本文件，将会得到此脚本的基本使用方法。
使用方法
方法步骤
1未安装MGLTools请先安装，如何安装MGLTools ？MGLTools安装详情见http://www.modekeji.cn/?p=1831。安装ADT 脚本。
2将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的prepare_ligand4.py复制到你的工作目录，或确保你的环境变量包括yourpath ，yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24，即MGLTools的安装目录。
3.在命令行界面使用pythonsh命令来运行“prepare_recrptor4.py”脚本。
输入
此脚本需要的输入文件为已格式化了的受体文件和配体文件，在AutoDock 4中即pdbqt格式的文件。
输出
此脚本的输出为一个对接参数文件，文件名通常为“ligand_receptor.py”。
可选参数项
- -i：reference_dpf_filename
可对模板参数对接文件详细定义后用于设置参数文件
- -o：output_dpf_filename
默认的输出文件名为“ligandname_receptorname.dpf”
- -p：parameter=value
可通过此选项详细定义对接参数
- -k：list of parameters to write
不同算法对应的参数集合不同
已知问题
暂时无
