分子对接免费软件

免费的分子对接软件

DOCK

Dock是目前应用最广泛的分子对接软件之一,由Kuntz课题组开发。Dock应用半柔性对接方法,固定小分子的键长和键角,将小分子配体拆分成若干刚性片断,根据受体表面的几何性质,将小分子的刚性片断重新组合,进行构像搜索。在能量计算方面,Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用,在进行构像搜索的过程中搜索体系势能面。最终软件以能量评分和原子接触罚分之和作为对接结果的评价依据。

AutoDock

Autodock是另外一个应用广泛的分子对接程序,由Olson科研组开发。AutoDock应用半柔性对接方法,允许小分子的构像发生变化,以结合自由能作为评价对接结果的依据。自从AutoDock3.0版本以后,对能量的优化采用拉马克遗传算法(LGA),LGA将遗传算法与局部搜索方法相结合,以遗传算法迅速搜索势能面,用局部搜索方法对势能面进行精细的优化。