AMBER
作为非常成熟的生物分子模拟程序，始于20世纪70年代，目前已经发展到Amber20版本。
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YASARA
YASARA始于1993年，由奥地利的Elmar Krieger 编写开发，是集图形显示，分子建模，分子对接和分子动力学模拟于一体的综合性分子模拟软件，目前YASARA相关文献的引用量已超3500次。YASARA来自于”Yet Another Scientific ArtificialReality Application”的缩写，中文意思为:又一次科学与艺术的现实应用。科学和艺，术，是YASARA软件的特点。
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