今天给大家介绍一下常用的分子对接软件中的AutoDock。相信熟悉分子模拟的朋友肯定听过甚至使用过AutoDock的，毕竟AutoDock功能强大而且还是开源免费的。今天主要就是针对还未了解过AutoDock的朋友对AutoDock进行一个简要的介绍，包括AutoDock能做什么、发行版有哪些以及AutoDock Tools的介绍，方便大家学习和使用AutoDock。
AutoDock是什么软件，能做什么？
AutoDock是一套免费开源的自动对接工具，用于预测小分子，如底物或候选药物等与已知3D结构受体的结合方式。AutoDock有以下应用：X射线衍射、基于结构的药物设计、先导物优化、虚拟筛选、组合库设计、蛋白—蛋白对接、化学机理研究。
AutoDock的发行版由哪些部分组成？
实际上，目前AutoDock的发行版由两代软件组成：AutoDock 4和AutoDock Vina。而AutoDock 4实际上由两组主要程序组成：autoDock执行配体与一组描述目标蛋白的网格间的对接；autogrid则用于这些网格的预先计算。这两组程序除了用于分子对接外，还可以用于原子网格的可视化，这能帮助有机合成化学家们设计更好的粘接剂。
AutoDock Vina
AutoDock Vina不需要选择原子的类型和预先计算出原子网格，相反，AutoDock Vina会隐式地非常快速地原子的网格。AutoDock Vina是更新一代的分子对接软件，平均对接准确度得到了很大的提高，并且还比AutoDock 4快两个数量级。
AutoDock Tools
AutoDock Tools则是为了向用户提供图形界面而开发的。
AutoDock 4和AutoDock Vina
由于AutoDock 4和AutoDock Vina使用的评分函数不同，对于任何特定问题，两者都有可能提供更好的结果。
AutoDock的使用范围
AutoDock现在已经在全球范围内拥有29000多名用户。它被用于学术、政府、非营利组织和商业机构。2011年1月，对ISI引文索引的搜索显示，有2700多家出版物引用了AutoDock的主要方法论文。AutoDock已经得到了广泛的应用，在文献中有很多成功应用的例子2006年，AutoDock是被引用最多的对接软件，具有快速、高质量的配体构象预测以及预测的抑制常数与实验值之间的良好相关性。AutoDock在不知道对接位置的盲法对接中也很有用。
今天对AutoDock的简要介绍到此就结束了，不知道先前未熟悉的朋友是否对AutoDock已经有了一个简要的认识呢？想要更多地了解AutoDock，大家可以到官网获取更多的信息，官网还有AutoDock的使用教程（英文版），方便大家学习AutoDck，进行分子模拟、分子对接等工作。
