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YASARA软件完整功能介绍

公司新闻, 博客文章

功能介绍——YASARA View

YASARA View模块可以免费获取,包含交互式观察大分子结构所需的所有功能

  1. 具有高达4K分辨率的全场景抗锯齿的分子图形显示,比基于OpenGL的其他解决方案快10倍;
  2. 支持70多种分子文件格式
  3. 8种不同显示模式随意切换
  4. 光线追踪(Ray-tracing)算法以任意分辨率获得高质量的结构图片(SCI文章级别)
  5. 可同时打开100+个分子结构文件,基于结构或序列对不同蛋白进行叠合,计算RMSD值
  6. 一键测量任意原子之间的距离、角度、二面角
  7. 构建原子、氨基酸、多肽链以及一键突变氨基酸
  8. 自动分配键级,并添加丢失的氢原子
  9. 使用Python脚本语言扩展YASARA的功能,在Python脚本中简单输入“import yasara”即可调用

功能介绍——YASARA Model

在View的基础上增加了结构分析的功能

  1. 具有高达8K分辨率的全场景抗锯齿的分子图形显示,以及高质量的GPU加速
  2. 用MPEG格式编码动画,可粘贴到PPT中
  3. 可同时操作上千个蛋白结构,并独立移动
  4. 分析分子间的接触、氢键、疏水/π-π/Cation-π相互作用
  5. 交互式改变原子间的距离、角度和二面角
  6. 自定义pH值(0-14),并给出分子合理结构
  7. 实时计算并显示van der Waals,分子以及溶剂可及表面的快速算法

功能介绍——YASARA Dynamics

在Model的基础上增加了分子动力学模块

  1. 基于CPU+GPU计算的快速分子动力学模拟算法,以及周期性或非周期性的模拟盒子
  2. 支持Amber力场以及最新开发的NOVA和YAMBER力场
  3. 采用PME方法精确处理长程静电作用
  4. 采用LINCS和SETTLE算法处理键长和水分子
  5. 采用泊松-玻尔兹曼或PME方法计算能量、结合能
  6. 交互式的动力学模拟,可以固定或释放原子,增加约束,切换力场
  7. 即使在配体存在的情况下,也可以一键运行分子动力学模拟(基于GAFF力场)
  8. 一键运行膜蛋白的分子动力学模拟
  9. 采用MOPAC进行半经验MNDO/AM1/PM3量子化学计算
  10. 交互式构建多糖结构,每一步进行能量最小化

功能介绍——YASARA Structure

在Dynamics的基础上增加了分子对接和同源建模

  1. 一键进行分子对接,支持改进版的Autodock和Vina,可以多核运行Autodock
  2. 一键同源建模,选择蛋白序列,即可构建得到蛋白模型,并在显式溶剂中进行优化结构
  3. 基于pH值计算分子的氢键网络,并自动考虑配体
  4. 加入新的力场YASARA和YASARA2,力场中添加了很多基于经验的部分,适于对蛋白结构更加精细的修饰和预测
  5. 可移植FoldX插件,计算点突变,丙氨酸扫描,结合能等
2019年10月29日/通过: wyd
http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png 0 0 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2019-10-29 15:37:412019-10-29 15:37:42YASARA软件完整功能介绍

四川魔德科技有限公司成功取得YASARA中国代理权

公司新闻

四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn)取得分子模拟综合软件YASARA(Yet Another Scientific Artificial Reality Application)在中国的代理权,奥地利YASARA生物科技股份有限公司授权四川魔德科技在中国销售YASARA软件,以及为YASARA中国用户提供软件技术支持。

YASARA软件简介

YASARA来自于“Yet Another Scientific Artificial Reality Application”的缩写,中文意思大致为:又一次科学与艺术的现实应用。科学和艺术,完美体现了YASARA软件的特点。

科学:

YASARA始于1993年,是集图形显示,分子建模,分子对接和分子动力学模拟于一体的综合性分子模拟软件,在与Windows和Linux操作系统完美兼容的同时,还支持MacOS以及手机Android平台。

艺术:

YASARA拥有直观的用户界面,其图形显示比目前的所有其他分子模拟软件更加优秀,同时还支持VR设备和自动立体显示输入,最新可触摸的YSARA软件可以在多种移动设备上使用,包括VR眼镜、Windows和Android平板以及安卓智能手机。

另外,YASARA其内核为PVL框架,因此比传统软件具有更高的性能,可以对最大的蛋白质结构进行交互式的分子模拟操作。

YASARA与主流分子模拟软件界面对比

2019年10月25日/通过: wyd
http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png 0 0 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2019-10-25 17:21:402019-11-07 14:22:59四川魔德科技有限公司成功取得YASARA中国代理权

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