四川魔德科技有限公司
  • 首页
  • 技术服务
  • 药物设计
  • 产品
    • 高性能服务器
    • 分子模拟软件
    • 虚拟分子库
    • 分子模拟GPU计算服务器
  • 成功案例
  • 关于我们
    • 公司新闻
    • 公司介绍
    • 资源中心
    • 博客文章
    • 招贤纳士
    • 联系我们
  • 自助询价
  • Search
  • Menu
  • Mail

文章

短链脱氢酶催化合成奥利司他中间体的机制研究

成功案例

合作单位:Zhejiang Ocean University

参考文献:Yuping Tang, Yafeng Zhou, Qiaojun Zhao, et al.. Process Biochemistry, 2020. DOI: 10.1016/j.procbio.2020.02.015 (IF = 3.06)

本文首次报道采用生物酶法通过MOT来制备奥利司他中间体(R)-MHOT,该研究成果为奥利司他的绿色合成奠定了基础。

背景:

奥利司他(Orlistat)是一种有效的,特异性的,长效胃肠道脂肪酶抑制剂,可以通过抑制脂肪酶来减少饮食中脂肪的吸收,进而减轻体重。目前,奥利司他的获得途径主要分两种:以天然产物利普斯他汀(Lipstatin)为起始物进行结构修饰得到;或者采用天然产物全合成方法。然而,利普斯他汀难以提取,导致患者难以负担昂贵的医药费用。而全合成方法可以减少花费,是目前制备奥利司他的主要方法。

(R)-MHOT是合成奥利司他过程中非常关键的中间体,目前获得(R)-MHOT的方法主要有化学合成和生物合成两种。化学方法由于ee值低,花费高等缺点难以大规模生产,因此生物合成方法是目前最具前景的合成方法。

近年来,还原酶在手性化合物的合成中发挥着重要的作用,大量的手性化合物都可以采用还原酶来合成。然而目前还没有还原酶不对称还原MOT产生(R)-MHOT的相关报道。本文根据之前研究的成果,采用NaSDR-G145A/I199L酶催化还原MOT产生(R)-MHOT,产量达到50 g/L。并采用分子模拟方法对该酶与MOT的结合模式及突变体产率增加的机制进行了深入研究。

方案设计:

作者先构建得到NaSDR及G145A/I199L突变体重组蛋白,并在不同温度,pH等条件下测试酶对MOT的催化效率。最后采用分子模拟方法,研究了酶及突变体与MOT的最适催化构象,并解释了突变体产率增加的原因。

主要结果:

在非线性回归的分析基础上,NaSDR和NaSDR-G145A/I199L催化MOT的Km值分别为0.08和0.11 mM,而野生型和突变体的kcat值分别为0.90/s和2.91/s,突变之后该酶的催化效率提高了3倍以上。

表1 NaSDR和NaSDR-G145A/I199L催化的动力学参数

通过测试不同pH和不同实验温度对酶活性的影响,发现在pH=7和35℃附近,该酶具有较好的催化能力,如下图所示。

图1 pH(a)和温度(b)对NaSDR-G145A/I199L活性的影响

最后,本文采用分子对接方法研究了NaSDR和NaSDR-G145A/I199L催化MOT的最佳构象进行了研究。首先采用同源模建方法得到蛋白的三维结构并进行合理性评估。再将MOT分别对接到NaSDR和NaSDR-G145A/I199L的催化活性位点,结果如图2所示。从图中可以看出,MOT主要可以结合在蛋白的疏水空腔中,与辅酶NADH具有较近的距离,适合催化反应的发生。

图2 蛋白结构评估的拉氏图(a)和ERRAT值分布(b),MOT在NaSDR(c)和NaSDR-G145A/I199L(d)活性位点的结合模式

为了进一步研究突变前后MOT与蛋白的结合差异以及引起催化效率变化的主要原因,图3分析了MOT与周围氨基酸残基的相互作用情况。从图中可以看出,MOT主要结合在由Ile89, Val144, Met195, Leu196, Val214, Phe260 和NADH组成的疏水性口袋中。Ser143和Tyr156可以作为氢键供体与MOT形成氢键相互作用。而突变体中,Gly145突变为Ala145,Ile199突变为Leu199,可以进一步增强活性位点的疏水性质,进而增强MOT与突变体的结合能(由-5.02增加到-5.61 kcal/mol)。并且在突变之后,MOT中的羰基碳原子与NADH的催化距离由3.00 Å减小到2.73 Å,进一步证明了突变之后更有利于MOT的催化反应。

图3 MOT与NaSDR(a)和NaSDR-G145A/I199L(b)活性位点氨基酸残基的相互作用,MOT在突变前后关键的催化距离变化(c)

总的来讲,本文通过实验证明了NaSDR-G145A/I199L在35℃、中性条件下催化MOT产生(R)-MHOT的产量达到了50g/L,并通过分子模拟方法从原子层面解释了突变体产量提升的可能原因。定点突变或定向进化技术可以进一步提高该酶的催化能力,并用于大规模制备中间体(R)-MHOT。

2020年4月8日/通过: wyd
https://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2020/04/图片-11.png 618 554 wyd http://www.modekeji.cn/wp-content/uploads/2022/05/MD-logo-300x129.png wyd2020-04-08 15:54:252021-06-03 16:59:39短链脱氢酶催化合成奥利司他中间体的机制研究

近期文章

  • 计算机辅助药物设计存在的必要性
  • Cell Reports | UMPylation修饰在关键时刻保细菌一命
  • 分子对接之后为什么要跑MD模拟?
  • 四川魔德科技正式开展生物分子检测服务
  • 四川魔德科技微信公众号有奖征文,最高可得400元
  • 蛋白质结构建模比赛
  • 十种分子对接程序的综合评价:基于多种蛋白-配体复合物、采样能力和评分能力的预测精度
  • 分子模拟探究蛋白质荧光淬灭机制
  • 手性化合物的“照妖镜”——电子圆二色谱法
  • 短链脱氢酶催化合成奥利司他中间体的机制研究
2022年 8月
一 二 三 四 五 六 日
1234567
891011121314
15161718192021
22232425262728
293031  
« 5月    

标签

ECD计算 MD模拟 YASARA 一键分子动力学模拟 主客体相互作用 催化机制 催化活性 分子动力学 分子对接 分子对接和MD模拟的区别 分子对接软件 分子模拟 分子模拟综合软件 分子模拟软件 分子识别 可视化分子模拟 同源建模 天然产物 对接软件 简单分子对接 结合自由能 绝对构型 荧光淬灭 药物设计 虚拟筛选 虚拟筛选流程 蛋白突变 蛋白质建模 蛋白质测序 金属蛋白处理

四川魔德科技有限公司

魔德科技以专业的态度做适用的解决方案,致力于成为分子模拟技术行业优秀的服务商。 我们拥有一套完整的从分子模拟研究到化学合成、活性测试的先导分子实验室,具有将虚拟分子转化为先导分子的能力,可以大大提升分子设计和开发效率。

联系方式

  • Telephone

    028-87579279

  • E-mail

    modekeji@modekeji.cn

  • Address

    四川省成都市高新区芳草街3号

点击这里给我发消息

立即QQ在线沟通

扫码添加客服微信

微信公众号二维码15cm

扫码关注魔德科技微信公众号,获取最新分子模拟资讯

Copyright © 2022 四川魔德科技有限公司 版权所有 modekeji.cn保留一切权利 | 蜀ICP备18012326号-1

Scroll to top