OpenBabel简介
Open Babel是一款开源自由软件，使用Open Babel可以将一种化学结构类型的文件格式转换成另一种文件格式，非常方便的进行各种类型的化学结构文件相互转换。
Open Babel由CC++编写，并提供C ++， Perl， Python等的API接口方便开发。
常用分子格式转换命令
mol2格式转pdbqt格式：
obabel -imol2 ligand.mol2 -opdbqt -O ligand.pdbqt
pdb格式转mol2格式：
obabel -ipdb ligand.pdb -omol2 ligand.mol2
smiles格式转2D的sdf格式：
obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen2d
smiles格式转3D的sdf格式：
obabel ligands.smi -O ligands.sdf –gen3d
sdf格式转smiles格式，删除氢：
obabel ligands.sdf -osmi -O ligands.smi -d
sdf格式转smiles格式，添加氢：
obabel ligands.sdf -O ligands.smi -h
