AUTODOCK 4 获得对接结果摘要

本指南解释了如何使用python脚本“summarize_results4.py”创建一个文本文件，该文件总结了单个目录中所有AutoDock4日志文件的结果。这个脚本的输出是CSV(逗号分隔形式的数据)格式。可选参数可用于设置用于聚合方式的rmsd误差，指定要报告哪些结果。除非指定了引用文件，否则聚合方式将基于配体坐标。(注意:您必须安装了MGLTools)

概览

每个AutoDock 4计算结果都会生成一个对接日志文件，其中包含关于在输入参数文件(dpf)中指定的每次对接“运行”中找到的最佳停靠配体构象的信息。如果有多个处理器可用，它们可以使用相同的输入进行多个AutoDock计算。这些计算结果可以使用具有交互式界面的AutoDockTools (ADT)或命令行界面使用的Python脚本“summarize_results4.py”整合在一起。脚本“summarize_results4.py”可以在MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/utilities中找到。在shell提示符中，进入此目录，输入脚本的名称并按下<Enter>，即可得到脚本的使用文档，该文档概要地说明了如何使用此脚本。

使用方法

命令提示符下给出的脚本使用文档如下：

方法步骤

1.若未安装MGLTools，请先安装。MGLTools提供图形用户界面和ADT’所需要的脚本。

2.将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的summarize_results4.py复制到你的工作目录，或确保你的环境变量包括yourpath ，yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24，即MGLTools的安装目录。

3. 在命令行界面使用pythonsh命令来运行“summarize_results4.py”脚本。

pythonsh

pythonsh [yourpath/ or ‘./’] prepare_flexreceptor4.py -r receptor.pdbqt [options]

[yourpath/ or ‘./’]表示你的安装路径

输入

输入目录下应该包含从相同输入得到的对接结果日志文件，这意味着，用相同的配体去对接相同的受体应该使用相同的对接参数。

输出

默认的输出文件名是“summary_of_results”。默认是对此文件进行写入。

选项

1. -t rms tolerance 

在整合结果时，将会使用此rms 误差。其默认是1.0
2. -f rms reference filename. 

使用此文件的配体坐标进行rms计算，而不使用对接日志输入的坐标。此文件必须在用-d指明的文件目录下。
3. -b

只报告“最好”的聚合方式的信息，即所有聚合方式中总能量最低的构象。默认为，对每种聚合方式中的能量最低的构象都进行报告。

4. -L 

只报告具有最多数量对接构象的聚合方式中能力最低的对接构象。默认为，对每种聚合方式中的能量最低的构象都进行报告。

5. -B 

报告具有最多数量对接构象的聚合方式中能力最低的对接构象和所有聚合方式中总能量最低的构象。默认为，对每种聚合方式中的能量最低的构象都进行报告。

6. -o output filename (default is ‘summary_of_results’)

设置输出文件的文件名
7. -a append to output filename

以在尾部添加的形式对现存的输出文件进行写入，默认是对现存的输出文件进行覆盖写入。
8. -u report unbound energy from docking log
9. -r receptor filename

此选项必须指定受体文件。以报告对接构象和受体间氢键的数目，以及两者间的能量变化。受体文件必须在指定目录下。

10. -k 

在已对接的配体和受体间建立氢键。默认不进行此操作。

11. -v verbose output option.