分子对接:AutoDock 4中准备柔性残基文件

本文讲解如何使用ptthon脚本“prepare_flexreceptor4.py”创建两个AutoDock 4的输入文件,其中一个是包含刚性残基的,另一个则包含柔性残基,以进行柔性对接。

本文讲解如何使用ptthon脚本“prepare_flexreceptor4.py”创建两个AutoDock 4的输入文件,其中一个是包含刚性残基的,另一个则包含柔性残基。此脚本的输入文件应该为pdbqt格式,而输出文件也为pdbqt格式。pdpqt格式是AutoDock 4最新采用的一种文件格式。柔性文件包含用于建立扭转柔性的特殊关键字。可选参数项可用于禁止指定键间和指定原子间的旋转。

概览:

对于受体中的每个原子,在受体文件中,都有特殊的一行对其描述,以开展AutoDock的模拟计算。准备受体文件包括,添加gasteiger 电荷以确保原子遵循AutoDock 4中的原子类型,融合非极性氢和检测芳香碳,输出pdpqt文件。如果需要在受体中引入柔性条件,需要将受体中刚性部分和柔性部分,分别输出在不同的文件中。这两个受体文件可用AotuDockTools通过可视化界面准备或python脚本“prepare_flexreceptor4.py”在命令提示符界面下准备。python脚本“prepare_flexreceptor4.py”存放于路径AutoDockTools/Utilities24下。在命令行界面导航至此目录下,输入此脚本的文件名即可获得此脚本的基本使用方法(Usage)。

Usage

步骤

1.若未安装MGLTools,请先安装。MGLTools提供图形用户界面和ADT’所需要的脚本。

2.将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的prepare_ligand4.py复制到你的工作目录,或确保你的环境变量包括yourpath ,yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24,即MGLTools的安装目录。

3. 在命令行界面使用pythonsh命令来运行“prepare_flexreceptor4.py”脚本。

pythonsh [yourpath/ or ‘./’]prepare_flexreceptor4.py -r receptor.pdbqt [options]

[yourpath/ or ‘./’]表示你的安装路径

输入

输入的受体文件应该只包含一个受体分子,并且在此受体文件中,需要保证所有的氢原子已被添加。

输出

输出的文件名,在默认情况下,是输出的文件名分别为输入文件名的主干部分加上_rigid.pdbqt和_flex.pdbqt。比如,“hsg1.pdpqt”在默认情况下,将会输出 “hsg1_rigid.pdbqt”和“hsg1_flex.pdbqt”两个文件。

可选参数项

-N:允许旋转的键

(默认为允许主干,和不允许酰胺和胍)

-P:原子名称对

所有的在原子对间的键都不允许旋转。原子对中原子名应该用下划线分隔,原子对间用冒号分隔。例如“CA_CB:CB_CG:C_CA”。

g:受体中刚性部分的输出文件名。

(默认为receptorname_rigid.pdbqt)

-x:受体中柔性部分的输出文件名

(默认为receptorname_flex.pdbqt)

已知问题

1AutoGrid计算必须使用只包含受体中刚性部分的文件。

2如果柔性残基中有任何不包含在配体中的原子类型,则这些原子类型必须在网格参数文件中的ligand_types列表进行引用。

3对接参数文件名必须在柔性残基文件名的最前面引入关键字flexres,例如, flexres hsg1_flex.pdbqt