分子对接:在AutoGrid 4中准备网格参数文件

网格参数的准备是分子对接中的一个关键步骤,其对分子对接结果的影响也是至关重要。本文将概要讲解如何在AutoGrid 4中通过python脚本“prepare_gpf4.py”来创建一个网格参数文件。

概要

网格参数的准备是分子对接中的一个关键步骤,其对分子对接结果的影响也是至关重要。本文将概要讲解如何在AutoGrid 4中通过python脚本“prepare_gpf4.py”来创建一个网格参数文件。此网格参数文件通过设置每个维度的点数目、网格中心和点间距来指明了3D搜索的空间范围。还指明了用于探测的原子类型,受体的文件名以及每个输出网格映射的名称。网格参数文件除了可以使用python脚本“prepare_gpf4.py”来获得外,同样可以使用AutoDockTools(ADT)来准备。python脚本“prepare_gpf4.py”在目录AutoDockTools/Utilities24下。导航至此目录在命令提示符界面输入prepare_gpf4.py的将会得到该脚本的使用方法。

使用方法

方法步骤

1.若未安装MGLTools,请先安装。MGLTools提供图形用户界面和ADT’所需要的脚本。

2.将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的prepare_ligand4.py复制到你的工作目录,或确保你的环境变量包括yourpath ,yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24,即MGLTools的安装目录。

3. 在命令行界面使用pythonsh命令来运行“prepare_recrptor4.py”脚本。

输入

此脚本所需的输入是格式化受体文件和格式化配体文件的文件名,受体文件和配体文件必须是AutoGrid 4支持的pdbqt文件。

输出

此脚本的输出是网格参数文件,文件名通常为,受体文件名的主干部分加上后缀“.gpf”。

可选参数项

-i:reference_gpf_filename

可以指定模板网格参数文件,该文件将用于设置网格映射的位置和范围。

-o:output_gpf_filename

默认的输出文件名是受体的名称+ .gpf。

-p:parameter=value

可以使用此选项设置特定的参数

-d:directory of ligands to use to set types

将读取指定目录中的所有pdbqt文件,以获得用于在gpf中设置ligand_types的列表。

已知问题

要指定参数gridcenter或npts的坐标,需要使用包含所需值的引用gpf文件。