AutoDock在ADT中如何移动配体

如何才能在ADT/PMV中,单独地移动配体的位置呢?

第一步:在状态栏中找到并单击DejaVu按钮

第二步:在对象树下找到你所感兴趣的分子。这里我们选择的是“HIS”。

第三步:单击DejaVu窗口下的“Preferences”按钮,取消选中“Transf. Root Only”按钮,取消这个选项允许选中分子能相对其它分子移动。

第四步:可以在3D视图中直接移动分子了。这部分操作不在这里赘述。

第五步:在PMV面板选择你已经移动了的分子,因为PMV一次只能保存一个分子。

第六步:保存你所移动的分子的坐标,操作是“File → Save → Write PDB”,记得在输出面板选中“Save Tranformed Coords”,否则ADT会按原始坐标保存。