虚拟筛选，指通过计算机技术对化合物分子进行预筛选，其优势是不消耗实际样品，可降低筛选成本，并且考虑化合物分子的药动学性质和毒性，增加筛选的内涵。
虚拟筛选技术分类，根据靶点的结构知识，把基于靶点结构的虚拟筛选称为分子对接，把基于配体相似性的虚拟筛选称为药效基团搜寻。
分子对接，起源于受体—配体的锁和钥匙模型， 其过程是通过能量匹配和空间匹配，预测出复合物的结构。可通过“5倍律经验规则”对筛选库进行过滤，降低筛选时间。常用软件有DOCK，自带打分函数用于评价对接结果。AUTODOCK，采用格点对接，提高了计算速度。除此之外，还有FlexX、GOLD、Affinity等，都有自己的打分函数
分子对接尚未完全解决的问题，溶剂化效应、分子的柔性、打分函数。
基于结构的分子对接主要过程：1靶点结构预处理 2.小分子数据库的预处理 3.分子对接 4.打分函数
靶点结构预处理：1.靶点的检验 2.靶点的处理 3.确定靶点的配体结合口袋
靶点的处理：1.补齐晶体结构中缺失原子和残基 2.为大分子加上氢，并分配电荷 3.确定带点残基的质子化状态 4.去除不重要小分子
确定靶点的配体结合口袋：1.靶点分子为复合物，为配体中心的5-7Å区域内的氨基酸残基 2.靶点分子不是复合物，根据同源蛋白或定点突变的数据确定 3.实验数据未知，利用软件搜寻
