在AutoDock中，当我可视化了一个完成对接的化合物时该注意哪些特征？
第一，检查配体是否匹配受体中的某些口袋。
第二，检查配体中的原子和受体中的原子间是否存在化学匹配。
举个例子，检查配体中的碳原子是否接近受体中的疏水原子、在配体中的氮原子和氧原子是否接近互补氢键原子。
除此之外，考虑你所知道的一切的关于你的系统的特殊情况。举个例子，如果你知道你的酶的行为的相关机理和哪个残基将会被用到，那么检查配体是如何和这些残基进行配对的。在HIV-1蛋白酶中，效果好的抑制剂会以一个类似于过渡态的状态进行结合，使得两个催化天冬氨酸侧链附近出现一个羟基。
在AutoDock中配体分子的大小是否有限制？
在AutoDock中配体分子的原子数量是有限制的。默认情况下，原子的最大数目是2048。
此限制是在源文件“constants.h”中指定的，对应的参数项为“MAX_ATOMS”。如下所示
此文件在路径“autodocksuite-4.x.x/src/autodock-4.0.1/constants.h”下。
该变此参数项即可修改原子数量上限，但是若要修改此参数，需要确保“MAX_RECORDS”项的值和你设置的原子最大数目相同。
本指南解释了如何使用python脚本“summarize_results4.py”创建一个文本文件，该文件总结了单个目录中所有AutoDock4日志文件的结果。这个脚本的输出是CSV(逗号分隔形式的数据)格式。可选参数可用于设置用于聚合方式的rmsd误差，指定要报告哪些结果。除非指定了引用文件，否则聚合方式将基于配体坐标。(注意:您必须安装了MGLTools)
每个AutoDock 4计算结果都会生成一个对接日志文件，其中包含关于在输入参数文件(dpf)中指定的每次对接“运行”中找到的最佳停靠配体构象的信息。如果有多个处理器可用，它们可以使用相同的输入进行多个AutoDock计算。这些计算结果可以使用具有交互式界面的AutoDockTools (ADT)或命令行界面使用的Python脚本“summarize_results4.py”整合在一起。脚本“summarize_results4.py”可以在MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/utilities中找到。在shell提示符中，进入此目录，输入脚本的名称并按下<Enter>，即可得到脚本的使用文档，该文档概要地说明了如何使用此脚本。
命令提示符下给出的脚本使用文档如下：
1.若未安装MGLTools，请先安装。MGLTools提供图形用户界面和ADT’所需要的脚本。
2.将“MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24”目录下的summarize_results4.py复制到你的工作目录，或确保你的环境变量包括yourpath ，yourpath = local_install/MGLTools/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24，即MGLTools的安装目录。
3. 在命令行界面使用pythonsh命令来运行“summarize_results4.py”脚本。
pythonsh
pythonsh [yourpath/ or ‘./’] prepare_flexreceptor4.py -r receptor.pdbqt [options]
[yourpath/ or ‘./’]表示你的安装路径
输入目录下应该包含从相同输入得到的对接结果日志文件，这意味着，用相同的配体去对接相同的受体应该使用相同的对接参数。
默认的输出文件名是“summary_of_results”。默认是对此文件进行写入。
1. -t rms tolerance
在整合结果时，将会使用此rms 误差。其默认是1.0
2. -f rms reference filename.
使用此文件的配体坐标进行rms计算，而不使用对接日志输入的坐标。此文件必须在用-d指明的文件目录下。
3. -b
只报告“最好”的聚合方式的信息，即所有聚合方式中总能量最低的构象。默认为，对每种聚合方式中的能量最低的构象都进行报告。
4. -L
只报告具有最多数量对接构象的聚合方式中能力最低的对接构象。默认为，对每种聚合方式中的能量最低的构象都进行报告。
5. -B
报告具有最多数量对接构象的聚合方式中能力最低的对接构象和所有聚合方式中总能量最低的构象。默认为，对每种聚合方式中的能量最低的构象都进行报告。
6. -o output filename (default is ‘summary_of_results’)
设置输出文件的文件名
7. -a append to output filename
以在尾部添加的形式对现存的输出文件进行写入，默认是对现存的输出文件进行覆盖写入。
8. -u report unbound energy from docking log
9. -r receptor filename
此选项必须指定受体文件。以报告对接构象和受体间氢键的数目，以及两者间的能量变化。受体文件必须在指定目录下。
10. -k
在已对接的配体和受体间建立氢键。默认不进行此操作。
11. -v verbose output option.
AutoDock已经进行了参数化，以支持在生物模拟体系中最常见的原子类型，这些原子类型还被包含在用于校准力场的复合物中。基于此原因，许多不太常见的原子类型并没有被引入力场参数中。对于这个问题我们有几种方法可以解决，取决于用于建模的复合物的复杂程度和要获得的精度间的关：
1严格的方式。给新原子找到合适的参数，并将这些参数添加到现存的力场参数文件中。接着便可以使用文件中的参数而不是内部参数来运行AutoGrid和AutoDock了。参数文件的格式在AutooDock手册中有详细的描述。关于如何在AutoDock中添加新的原子类型见http://www.modekeji.cn/?p=1961。除此之外，我们还可以简化这一过程，在现有的原子类型的基础上进行修改，通过简单地改变原子的范德华半径得到一组近似的原子参数。
2简单的方式。把需要添加的原子类型用现存于力场中与其最接近的原子类型进行替换。这个改变需要手动地编辑PDBQT文件，用现有的原子类型对未被识别的原子类型进行替换。除原子半径外，原子电荷可能也需要手动编辑。
AutoGrid使用PDBQS文件来存储受体，PDBQS中包含了大分子所有原子的坐标、部分电荷、和溶解参数信息。AutoDock 3使用PDBQ文件来存储配体的原子坐标、部分电荷、有关网格的描述和分子可旋转部分信息。
在AotuDock 4中，情况有了较大的改变。在AutoDock中我们使用一种性的格式PDQBT，来存储受体和配体原子坐标、部分电荷和AutoDock 4原子种类信息。相对于AutoDock 3来说原子种类的加入可以说是一个巨大的进步：AutoDock 3通过原子名称的第一个字符来确定原子的种类；而AutoDock 4使用一个或两个字符来表示原子种类，避免了原子名重叠的冲突和不依赖于原子名称。并且AotuDock 4中原子名称的引入也意味着我们可以加入更多的原子种类来加以区分原子，比如，可以区分形成氢键和不形成氢键的氮原子。
一个完整的PDBQT文件必须包含：
用于AutoDock 4 标准力场的配体和受体的PDBQT文件有额外的要求：
在AutoDock 中配体可以进行柔性处理，并且我们用“扭转树”的概念表示刚性部分和可旋转部分。旋转树中必有一个根节点，其分枝数可为零或更多，并且分枝中还可以有分枝。每个分子定义了一个可旋转键。在PDBQT文件中，扭转树使用以下记录来表示，这些记录的位置非常重要。
如何才能在ADT/PMV中，单独地移动配体的位置呢？
第一步：在状态栏中找到并单击DejaVu按钮
第二步：在对象树下找到你所感兴趣的分子。这里我们选择的是“HIS”。
第三步：单击DejaVu窗口下的“Preferences”按钮，取消选中“Transf. Root Only”按钮，取消这个选项允许选中分子能相对其它分子移动。
第四步：可以在3D视图中直接移动分子了。这部分操作不在这里赘述。
第五步：在PMV面板选择你已经移动了的分子，因为PMV一次只能保存一个分子。
第六步：保存你所移动的分子的坐标，操作是“File → Save → Write PDB”，记得在输出面板选中“Save Tranformed Coords”，否则ADT会按原始坐标保存。
由于缺少实验数据，所以在AutoDock中有些原子，比如重金属离子，是没有写进AutoDock的标准力场文件中的，导致我们缺少相关信息，无法进行分子对接。所幸，在AutoDock中，我们可以手动添加在AutoDock原本没有的原子信息，这些信息包括，Rii（原子范德华半径，单位Å）、epsii（范德华势）、vol（原子溶解体积，4/3*π*(Rii/2)^3，单位Å3）、solpar（原子溶解参数）。
如何添加原子参数？
在AutoDock中存在一个保存原子参数的文件，我们需要向这个文件中写入我们所需的原子信息。在这个文件中，每一行都保存着一种原子的参数。对于金属原子，添加相应的原子信息样例如下：
atom_par Zn 1.48 0.550 1.7000 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 4
前4项数字就分别对应着我们前面所说的4个参数Rii、epsii、vol和solpar。
添加完原子的这些信息后我们还需要向AutoGrid和AutoDock对应的*.gpf和*.dpf写入新的原子信息文件，这里我们需要以下命令：
parameter_file <modified parameter file name>
modified parameter file name指用户自定义的原子信息文件的文件名。
添加新的原子参数需要在AutoDock默认的原子参数文件的基础上写出新的原子参数。以下是AutoDock默认的原子参数文件下载链接（注意需要解压后使用）：
对体系添加较小的扰动，假设体系热力学量与此扰动成线性关系，进而获得体系热力学量的方法是平衡分子动力学模拟的基础。此方法在各种计算都有应用，然而此方法具有一定的局限性，即其计算精度不高，不能用于外界扰动较大体系远离平衡区域的情况。非平衡分子动力学模拟，能克服非平衡分子动力学模拟由于微观热流及其相关函数积分的收敛速度较慢、计算热导率误差较大的问题。
虽然利用线性响应理论或时间相关函数，可以根据平衡分子动力学(equi-librium molecular dynamics, EMD)模拟结果计算热导率、扩散系数和黏度系数等多种迁移系数，但这样的计算误差较大、精确度不高。线性响应理论是从研究偏离平衡不远的非平衡状态中得到的规律，不适用于远离平衡的非平衡状态。或者说，线性响应理论只适用于外界扰动较小的靠近平衡的线性响应区域，但不适用于扰动较大的远离平衡的非线性响应区域。当利用时间相关函数计算迁移系数时，时间相关函数只反映体系性质对体系中广泛存在的微小涨落或信号的响应，这种涨落相对广泛存在于体系中的各种随机扰动或噪声的信噪比(signal-to-noise)很小，限制了时间相关函数的计算精度。特别是在时间相关函数的长时间相关区域，虽对迁移系数仍有较大的贡献，但计算误差已很显著，甚至超过时间相关函数所包含的实际信息，已很难用于迁移系数的计算。此外，EMD模拟体系的空间尺度，也限制了时间相关函数的最长相关时间。
用非平衡分子动力学(non equilibrium molecular dynamics, NEMD)模拟研究迁移现象和计算迁移系数时，采用的是与实验测量迁移系数相似的方法。首先，在模拟体系中引人相应的热流、物质流和动量流等扰动;然后，记录模拟体系对这些扰动的响应;最后，计算体系的热导率、扩散系数和黏度系数等。在进行NEMD模拟时，只要在体系中引人足够大的扰动，就可以提高模拟的信噪比，提高模拟计算的精度。如果继续加大扰动，还可以使体系进人远离平衡的非线性响应区域，克服线性响应理论的限制。同时，通过延长模拟时间，还可以大大提高时间相关函数的计算精度。因此，NEMD模拟可以弥补EMD模拟的不足，更好地研究迁移现象，克服线性响应理论和时间相关函数的限制，更精确地计算迁移系数。
如何蛋白质——配体复合物保存在PDB文件中？
在完成配体与蛋白质的对接后，该如何将蛋白质——配体复合物保存在PDB文件中？
从对接日志文件中提取对接结果
在对接完成后AutoDock 4会输出配体的原子坐标，在柔性对接中，受体的移动部分也会输出。每个对接构象都保存在PDBQT格式（在对接日志文件中）的文件中，假如你做了10个对接，那么在DLG文件中应该有10个不同的对接构象。在PDBQT文件中，每个对接构象的的前缀都为“DOCKED”，所以我们可以用简单的UNIX命令将它们提起出来。在终端中用cd命令导航值DLG文件的目录。然后输入以下命令，注意需要将my_docking.dlg替换成你的DLG。
将PDB格式转换为PDBQT
将PDB格式转换为PDBQT文件的最简单的方法就是将电荷（Q）和原子类型（T）去掉，命令如下（其中my_docking.pdb即你将要当前目录输出的文件）。
以上的命令会创建一个包含所有对接结果的PDB文件，每个对接都显示为一个单独的“MODEL”，每个“MODEL”都包含配体和受体的移动部分。通过使用PyMol等程序可将这些模型可视化。
将包含所有对接构象的PDB文件拆分成包含单个对接构象的PDB文件
将包含多个模型的对接构象，例如my_docking.pdb拆分成单独构象的PDB文件，需要以下命令。
拆分后的得到的PDB文件将会以my_docking.000.pdb，my_docking.001.pdb，my_docking.002.pdb的命名对着进行命名。
创建复合体的PDB文件
创建一个包含受体和所有已对接配体的复合体，需要用到以下命令，此命令将受体的PDB文件（receptor.pdb）和包含所有配体对接构象的文件（my_docking.pdb）合并在一起。
此命令会创建一个complex.pdb的文件。
创建一个包含受体和一个配体的PDB文件，需要以下命令（其中my_docking.042.pdb为单个配体的pdb文件)。
多对接计算任务使用需要指定使用以下关键字之一，“ga_run”、“do_local_only”或“run”“simanneal”，通常，即使是相同的输入也会导致不同的输出，其原因如下。
1.AutoDock在搜索过程中为配体创建的对接姿态是随机，由一个随机数产生器决定。
2.AutoDock使用的随机数产生器依靠两个初始种子生成一个随机序列。构象搜索就是使用此随机序列来设定位置、方向和扭转程度的。
3.这两个种子的默认参数有“pid”（进程id）和“time”（时间），进程id和时间在不同的AutoDock计算任务间是变化的。
4.因此，不同的AutoDock计算任务产生的随机序列不同的，使得依靠不同随机序列搜索得到的构象也是不同的，这导致了对接结果的不同。
但是需要注意的是，在AutoDock中是可以指定种子的，在指定相同的种子的情况下，AutoDock给出的计算结果应该是限制性相同的。
还有一个需要考虑的是，对接结果应当是搜索结果的彻底遍历。如果单个AutoDock任务计算量非常的大，很可能会导致搜索不够彻底，而无法找到对接任务的最小能量。在这中情况下，可能需要通过增加能量评估或代数来扩展构象搜索。
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